福建省肿瘤医院于1979年筹建，1984年收治病人，1986年正式挂牌开院；福建省肿瘤防治办公室挂靠医院；1997年被国家卫生部评为三级甲等肿瘤医院；2001年成立福建省肿瘤研究所，与医院合署办公。2013年被列为肿瘤科国家临床重点专科建设单位，2016年成为福建医科大学附属肿瘤医院，2017年被确认为福建省高水平癌症医学中心建设单位，2020年被列为争创国家癌症区域医疗中心建设单位，2022年成为福建医科大学肿瘤临床医学院。
医院作为承担福建肿瘤防治与研究的重要平台，形成肿瘤领域的技术高地、学科高地、人才高地和服务高地，在肿瘤防控和综合诊疗方面形成特色优势，在全省及周边地区的肿瘤防治工作中发挥着龙头作用。
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