上海市口腔医院始建于1946年，时名上海牙病中心防治所，是上海最早的公立口腔医疗机构，自上世纪50年代起，受上海市卫生健康委员会委托，指导全市口腔疾病防控工作，拥有全国最完整的口腔公共卫生三级防治网络。1998年更名为上海市口腔病防治院；2013年获批第二冠名上海市口腔医院；2015年复旦大学与上海申康医院发展中心签约共建复旦大学附属口腔医院；2021年获批第一冠名上海市口腔医院，第二冠名复旦大学附属口腔医院，加挂上海市口腔健康中心牌子；2021年，经复旦大学党委常委会研究，决定成立复旦大学口腔医学院，依托上海市口腔医院建设。现已成为医疗、教学、科研、预防全面发展，医防融合特色鲜明的口腔医院、口腔医学院、口腔医学研究和口腔健康管理机构。
北京东路院区：上海市北京东路356号
复兴中路院区：上海市复兴中路1258号
浦锦院区：上海市竹园西路1034号
永嘉路门诊部: 上海市永嘉路458号
天津路科教中心：上海市天津路2号
闵行院区（在建）：上海市合川路166号
