医院学科门类齐全，设有业务科室47个，临床科室35个，辅诊科室12个，临床教研室20个，有博士授权学科28个，硕士授权学科33个，为临床博士后流动站。医院有10个国家重点学科，4个全军医学研究所，6个全军医学专科技术中心，2个上海市医学领先专业重点学科，2个上海市临床医学中心，是全军实验诊断重点实验室，国家药品临床研究基地，军队药品临床研究基地。
医院具有骨科、神经外科、肾内科、泌尿外科、整形外科、急救科等六大传统优势学科，形成了器官移植、微创治疗、眼眶肿瘤治疗、肿瘤早期诊断与治疗、骨髓瘤及淋巴瘤诊断与治疗、睡眠障碍治疗、糖尿病及骨质疏松治疗、真菌病的诊断与治疗、外科伤病、颈动脉狭窄及大动脉瘤诊治等九大新兴医疗特色。
