1957年，阜阳市中医医院就诞生在这座历史悠久、人文荟萃的江淮大地上。自建院之日起，医院始终坚持“中医为主、中西并重、发挥特色、科技兴院”的办院方针，经过六十余载的沧桑巨变和中医药传统文化积淀，阜阳市中医医院已经发展成国家三级综合中医医疗机构，承担着阜阳市区及周边地区中医药医疗、教学、科研、急救、预防保健和康复的重要任务。
医院科室设置齐全，拥有15个病区，医技科室14个，市级以上重点专科专病12个，充分反映中医特色的专病门诊30个。康复科为安徽省级中医特色专科、阜阳市优先建设临床重点专科、皖北片区首家手功能康复基地、全国第82个手功能康复专业委员会会员单位，针灸推拿科、心内科是省级中医重点专科，肝病、哮喘病是省级重点专病;针推科为市级中医名科，中医骨伤科为市级中医重点专科，脑病科、内分泌科、中医妇科、推拿科为市级中医培育专科；头痛病专科是市级重点学科。
